Il manuale è sempre prodigo di belle dritte.
Emula timediff in mysql < 4.1
codice:
SELECT SEC_TO_TIME( (TO_DAYS("2006-10-27 17:30:00")*24*3600+TIME_TO_SEC("2006-10-27 17:30:00")) 
- (TO_DAYS("2006-10-27 17:25:00")*24*3600+TIME_TO_SEC("2006-10-27 17:25:00")) ) as diff
restituisce 00:05:00 come volevi
ovviamente funziona solo per differenza di orari con date uguali.