Ti basta un solo css, solo che devi avere le capacità per farlo :-)
Ti spiego brevemente ciò che dovresti fare.
Non credo che avrai decine di colori diversi per i link, giusto? Supponiamo che avrai 3 colori differenti per 3 diverse pagine, più un colore che sarà quello principale, ad esempio per i link del footer o nella barra laterale.
Bene, il css sarà unico, con l'accortezza di definire il colore principale a livello globale (in modo che tutto il sito sia impostato per avere link del colore standard) e i link delle pagine impostati per 3 <div> differenti creati ad hoc.
Vediamo di fare chiarezza con un pò di codice, questo sarà il css:
codice:
/* per velocizzare non uso i colori in esadecimale ma la sostanza è questa*/
a:link { text-decoration: none; color: #009933}
a:visited { text-decoration: none }
a:hover { text-decoration: underline }
a:active { text-decoration: none }
#pagina1 a{
color: yellow;
}
#pagina2 a{
color: black;
}
#pagina3 a{
color: purple;
}
Questa invece la sezione in HTML
Come vedrai i link all'interno dei div prendono i colori impostati, mentre il primo link rimarrà in verde, che è il colore principale di tutto il sito. Se i div li piazzi in pagine differenti, avrai colori diversi per pagine diverse, ma un solo CSS.
Ti consiglio una bella GUIDA sui CSS :-)