Salve e tutti, il problema è quanto da titolo, cioè non viene tenuto conto dei millisecondi scritti nella funzione, ma viene avviato subito, lo script (semplicissimo) è il seguente:

nel file .js:

function showAlert(){
var msg = document.form1.input1.value;
alert(msg);
}

function showInput(){

setTimeout(showAlert(),5000);

}

nell' Html:
<form class="form1" name="form1">
<input class="input1" name="input1" type="text" />
<input class="button1" type="button" value="Click" onClick="showInput();" />
</form>

Grazie.