Il metodo più immediato mi sembra questo :
racchiudi l'object in un div dandogli un id
codice:
<div id="flashDiv"> // aggiungi il div
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,0,0"
width="660px" height="290px" align="middle">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="allowFullScreen" value="false" />
<param name="movie" value="Home.swf" /><param name="quality" value="high" /><param name="bgcolor"
value="#ffffff" />
<embed src="Home.swf" quality="high" bgcolor="#ffffff" width="660" Height="290px" align="middle"
allowScriptAccess="sameDomain" allowFullScreen="false" type="application/x-shockwave-flash"
pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
</object>
</div>
Poi per rendere quel div invisibile usi javascript in questo modo
codice:
document.getElementById('flashDiv').style.visibility = 'hidden';
// per renderlo nuovamente visibile fai
document.getElementById('flashDiv').style.visibility = 'visible';
Personalmente io userei jquery che ti da la possibilita di applicare degli effetti di fade in e out
Se ti interessa poi ti dico come fare tanto se usi il fancybox la libreria jquery la devi usare comunque , tanto vale adoperarla anche per fare altro