crei un record in a o cname che punti al server o ad un host che punta al server.
poi:
1) crei il virtual host per il terzo livello mettendo come DocumentRoot la cartella desiderata
(oppure)
2) crei il virtual host per il terzo livello mettendo un redirect a dominio.com/cartella
(oppure)
3) aggiungi ServerAlias terzolivello.dominio.com al virtualhost esistente per dominio.com e usando il rewirte
codice:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^terzolivello.dominio.com
RewriteRule (.*) cartella/$1 [L]
oppure redirect
p.s. le regole qui sopra supponendo che metti un htaccess nella root oppure, soluzione ottimale visto che hai accesso alla configurazione di apache, le metti direttamente nel virtualhost nella sezione relativa <Directory /path/to/docroot>