Tempo fa feci questo, vedi se va.... 
In una classe a parte:
	codice:
	Imports System.Web
Public Class JavaScript  
    Public Shared Sub EseguiBlockScript(ByVal Pagina As System.Web.UI.Page, ByVal NomeScript As String)
        Dim js As String = NomeScript & "();"
        If (Not Pagina.ClientScript.IsClientScriptBlockRegistered("clientscript_eseguijs")) Then
            Pagina.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(Pagina.GetType, "clientscript_eseguijs", js, True)
        End If
    End Sub
End Class
 
dal codice
JavaScript.EseguiBlockScript(Me,NomeDelloScript)