Pagina che appare in due modi diversi

[Gas75]

Salve, chiedo un confronto di idee per un problema che non riesco a districare...
Sto modificando i codici di una pagina web, introducendo i comandi PHP

<?
require "nomepagina.php";
?>

per sfruttare i noti vantaggi di modifica di parti di pagina in tutto il sito...
Ora mi succede che la versione vecchia e quella nuova della pagina presentano alcune differenze che non so spiegarmi. Si tratta di differenze di HTML e CSS, ma credo c'entri il PHP poiché sono emerse introducendo i require!
La pagina vecchia http://gaspare.altervista.org/cn/index_old.php
La pagina nuova http://gaspare.altervista.org/cn/index.php
Come si nota, nella nuova manca la shortcut icon e la riga H1 ha un'altezza differente.
Confrontando il codice vecchio e i vari "pezzi" componenti il codice nuovo, non ci sono differenze, quindi non capisco...

C'è una spiegazione?

Su Firefox la shortcut icon si vede in entrambe le versioni della pagina.

PS: non si tratta dell'H1 più alto ma della posizione del <div id="main"> nella pagina, in entrambi i casi ha un margin-top: 62px, ma viene interpretato diversamente nei due casi.