probabilmente è rimasto il link al file (ora da te cancellato) in qualche chiave di registro che cerca di caricarlo all'avvio. Ci sono molte di queste chiavi nelle quali cercare il riferimento mancante:
codice:
Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx
Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices
Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce
Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce\Setup
Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer
Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogin
Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogin
Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogin\Notify\
Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows
Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion
A te la scelta: puoi cercare manualmente nelle chiavi di registro con Regedit, oppure usare un tool apposito. Anche HijackThis va benissimo