intendi dire che tutti i popup vengono aperti riutilizzando la finestrella popup della prima popup aperta? Se non vuoi che accada, prova a cambiare nome alle finestre che via via apri:
codice:
function popUp(nome) {
finestra = window.open("popActive.php",nome,"width=900,height=700,left=200,top=200,scrollb
ars=yes,resizable=yes");
}
<input type ="button" onClick="popUp('pop1')" name ="bt1">
<input type ="button" onClick="popUp('pop2')" name ="bt2">
<input type ="button" onClick="popUp('pop3')" name ="bt3">
<input type ="button" onClick="popUp('pop4')" name ="bt4">