Come ben sapete Eclipse ha 3 opzioni:

A) Extract required libraries into JAR
B) Package required libraries into JAR
C) Copy required libraries into sub folder next to JAR

Dopo diverse prove ho sperimentato:

1) Il jar fatto con C da Eclipse non funziona (funziona = scrive file usando librerie sqlite, non funziona = non scrive file usando librerie sqlite).
2) Il jar fatto con A da Eclipse funziona ma non può essere offuscato.
3) Il jar fatto con B da Eclipse funziona e può essere offuscato.

Non ho scritto nulla in "Shrinking" ed "Obfuscation" perché non so cosa devo scrivere e ho ancora due problemi:

1) Il file offuscato funziona ma l'offuscamento non è stato poi così efficiente in quanto il nome della classe che contiene il JFrame non è stata modificata.
2) Io sarei in grado di deoffuscare tutto quanto. Il programma è molto semplice però non mi sento sicuro, dovessi sviluppare un software java proprio non mi convince. Quelli della java dovevano a mio avviso dovevano studiarsi qualcosa di più ingegnoso. A me piace tutto di java tranne questo aspetto.