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Ciao. Ho scritto un programma con cui sfoglio il contenuto degli archivi zip.
Vorrei poter aprire questi archivi senza dover prima aprire il programma e caricarli da lì, in pratica vorrei poter tramite il menù proprietà dell'archivio andare su "Apri con" e selezionare il mio programma, in modo che successivamente mi basta fare doppio click sull'archivio.
La associazione di estensioni di file con applicazioni è una cosa che è estremamente system-dependent e varia anche radicalmente da un S.O. all'altro. Java e il framework standard non hanno nulla per gestire le associazioni delle estensioni (né tools, né API apposite, perlomeno che io sappia).
In Windows le associazioni sono memorizzate nel Registry, sotto HKEY_CLASSES_ROOT.

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Immagino che per far ciò vada convertito il jar in exe potete confermare?
No, non è strettamente necessario. Nel senso che quello che si può avviare è comunque il launcher della JVM (java.exe o equivalente per altro S.O., o javaw.exe su Windows)

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Inoltre a livello di codice devo fare qualcosa?
No, a parte ovviamente ricevere l'argomento, cioè il file su cui lavorare, tramite il solito String[] args del main.