Avviare programma come Amministratore (problema)

[eziogsv]

...Nome Programma\1.0.0.0 >> quando cambio versione mi creerà una nuova cartella???

Si, ma puoi benissimo bypassare il problema immettendoli in una cartella (esempio "Files", che se non c'è dovrà essere creata) direttamente in "NomeProgramma"

ReadOnly Destinazione = _
(My.Computer.FileSystem.SpecialDirectories.CurrentUserApplicationData).Replace(Application.ProductVersion, "Files")

'al Load del Form Principale
If Not My.Computer.FileSystem.DirectoryExists(Destinazione) Then
     My.Computer.FileSystem.CreateDirectory(Destinazione)
End If