A mio parere comunque sarebbe meglio se ti creassi una tua classe (es. NumeroComplesso) che contiene all'interno due campi double relativi alla parte reale e immaginaria del numero e magari un metodo toString e/o altri metodi convenienti.

Alla lunga lavorare con due arraylist in modo parallelo potrebbe causarti rogne, oltre a non essere molto object oriented.

Se ti può interessare qui c'è il link a una classe per numeri complessi molto completa.