ok, ho visto che si può ottenere lo stage dal top component del file fxml.
quindi:
codice:
<VBox fx:id="uno" xmlns="http://javafx.com/javafx/8.0.112" xmlns:fx="http://javafx.com/fxml/1" fx:controller="com.mp.testfx.ControllerUno">

</VBox>
poi:
codice:
public class ControllerUno {

    @FXML
VBox uno;

    @FXML
private void onBtnClicked() throws IOException {
        Parent root = FXMLLoader.load(getClass().getResource("due.fxml"));
        Stage stage = new Stage();
        stage.setTitle("Main");
        stage.setScene(new Scene(root, 500, 500));
        stage.setResizable(false);
        stage.show();

        Stage ss = (Stage) uno.getScene().getWindow();
        ss.setIconified(true);
    }

}
non so se intendevi altro!

per quanto riguarda l'altra questione.
io vorrei fare un metodo del genere, da richiamare ogni qual volta si debba aprire una finestra:
codice:
private void openWindow(String fileFxml, String title, int width, int height, boolean resiz) throws IOException {
    Parent root = FXMLLoader.load(getClass().getResource(fileFxml));
    Stage stage = new Stage();
    stage.setTitle(title);
    stage.setScene(new Scene(root, width, height));
    stage.setResizable(resiz);
    stage.show();
}
una cosa del genere.
qui si passano come parametri le impostazioni basiche.
ecco, dove mi converebbe mettere un metodo del genere??