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ok, ho visto che si può ottenere lo stage dal top component del file fxml.
non so se intendevi altro!
Sì, intendevo altro. Se usavi direttamente FXMLLoader (e non dal load statico), potevi prendere il controller e "iniettargli" tu lo Stage semplicemente mettendo campo e setter nel tuo ControllerUno.

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io vorrei fare un metodo del genere, da richiamare ogni qual volta si debba aprire una finestra
E va anche bene, non vedo nulla di palesemente errato.

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ecco, dove mi converebbe mettere un metodo del genere??
Puoi metterlo dove preferisci, anche come metodo statico di utilità (ma occhio, il getClass() non è più usabile, se statico)