Scusa, generalmente rispondo sempre un po' di fretta.

Allora :
- Lei era assunta ( a nero ) presso l'agenzia XXXXX
- Lei era stata incaricata dal titolare dell'agenzia di sviluppare un sito web
- Lei ha inserito nei meta tag del sito il suo nome e cognome.

Come prima cosa c'e' da dire che non si puo' esser assunti a nero ( e fin qui siam tutti d'accordo )
Proseguendo, se te dipendente ACCETTI di lavorare per un tizio, non puoi andare a inserire nel sito web che ti commissiona il tuo nome e cognome, cosi come chi effettua lavori di stampa grafica inserisce a latere il nome dell'agenzia di stampa e non il nome del grafico che ha eseguito il disegno.
Continuando sempre nei punti su citati, leggo che hai inserito una normativa che riporta alcuni punti interessanti :

E' considerato autore dell'opera collettiva chi organizza e dirige la creazione dell'opera stessa.
E' considerato autore delle elaborazioni l'elaboratore, nei limiti del suo lavoro.
Quindi supponendo che all'interno della web agency lavorano più persone ( cioè superiori a 1 ), l'autore dovrebbe essere colui che dirige e organizza la creazione dell'opera ( in questo caso, a meno di "carta bianca", dovrebbe essere il titolare ).

Comunque, pur tralasciando TUTTO CIO', la domanda base è :
l'opera è stata registrata da qualche parte? Perchè se non viene registrata, allora PUO' ESSERE REGISTRATA dal 1° che si fa avanti e se il 2° è il vero autore, se lo prende in saccoccia ( se non puo' dimostrare di esserne lei l'autrice )...