Scorrendo la tabella (che non ci hai detto cosa è), "peschi" la CheckBox e ne recuperi la proprieta' Checked, tutto qui.

Es:
codice:
foreach (GridViewRow row in GridView1.Rows)
{
     CheckBox chk = row.Cells[0].Controls[0] as CheckBox;
     if (chk != null && chk.Checked)
     {
       // ... azione da fare se è spuntata
     }
}

PS: attenzione che Cells[0].Controls[0] non è il tuo caso, devi mettere la posizione giusta