Probabilmente il titolo è sbagliato:
"poco indicizzato" significa che sei indicizzato con poche keyword, tu invece dici che sei indicizzato con tutte le keyword però hai perso posizioni.

Citazione da questo stesso forum:
"la keyword density oggigiorno ormai non serve più a nulla. Negli ultimi anni i logaritmi dei motori di ricerca si sono evoluti e danno peso ad altri fattori. Perciò secondo me non vale neanche la pena approfondire o comunque insistere con tecniche di keyword stuffing."

La mia opinione:
la penalizzazione per aggiunta di keyword è rara, in questo caso mi sembra più probabile perdere posizioni quando si modificano i contenuti senza migliorarne la qualità, oppure quando non si fa il redirect dalle vecchie pagine con gli URL che non funzionano più.