Con la differenza che i pixel erano "leggermente" differenti.
Cioè? Esattamente quale/i differenza/e riscontri?

Se parli di pixel come entità elementari di un'immagine (cioè a livello di dati immagazzinati da qualche parte, i quali rappresentano, ognuno, una parte di informazioni dell'immagine stessa), e se consideriamo una stessa immagine, la loro natura astratta resta invariata a prescindere dalla macchina su cui questi sono analizzati o dall'interfaccia video (scheda grafica e monitor) su cui sono visualizzati. Per cui, se stai analizzando programmaticamente una stessa identica immagine, il risultato dovrebbe restare identico a prescindere dalla macchina su cui avviene questo processo, perché l'immagine stessa non è altro che quella serie distinta di pixel.

Se parliamo di una stessa immagine, e quindi degli stessi identici pixel, quello che può variare è il modo con cui tale immagine viene visualizzata. In questo caso può influire la risoluzione del monitor e quindi le dimensioni con cui i pixel stessi sono visualizzati, o determinate impostazioni video che possono variarne sull'aspetto visivo; ad esempio impostazioni che riguardano nitidezza, saturazione, contrasto, gamma colorazione, eccetera, che sono comunque relative all'interfaccia video e non al pixel in sé considerato come dato.

Altra questione è se stai comparando differenti screenshot effettuati su differenti macchine. In questo caso capisci bene che è plausibile che l'immagine stessa risulti differente da macchina a macchina. Questo, non perché influiscono le impostazioni puramente visive (della scheda video o del monitor), ma piuttosto può variare il sistema operativo e/o gli elementi grafici dell'interfaccia utente (se stai analizzando quelli, dal momento che parli di "finestra principale del programma X"). Come tu dici, può variare la risoluzione del monitor (o meglio, le dimensioni del viewport) che potrebbe influire sulla disposizione stessa degli elementi; anche se stai analizzando i primi 10x10 pixel dell'area visibile non è detto che troverai sempre la stessa cosa e che la finestra sia posizionata necessariamente alle coordinate 0,0 (anche se tu lo hai indicato come un dato di fatto); mi viene da pensare il caso di una macchina a cui sono collegati due monitor, magari con differenti risoluzioni, nei quali si estende il desktop, in tal caso la posizione 0,0 dell'area di uno dei due monitor potrebbe non coincidere con la posizione 0,0 dello screenshot (che riporterà invece l'intero ingombro delle due schermate). Potrebbero influire altri svariati elementi che renderebbero comunque il risultato imprevedibile.

Bisognerebbe poi capire meglio cosa va ad analizzare esattamente il tuo software, quali criteri adopera per analizzare tale cosa e quali siano le specifiche a cui deve attenersi.