L'esempio che ho fatto io comunque è già di per sé indipendente dal S.O., cioè l'URI è corretto su qualunque S.O. (a parte, ripeto, poter sapere/controllare la directory corrente).
Per fare eseguibili "nativi" per applicazioni Java ci sono vari tools anche free (mai usati personalmente) e non so quanto effettivamente convenga. In Java un "eseguibile" è un .jar e questo è sufficiente per un JRE.
Per manipolare pathname in generale, beh, chiaramente è meglio File. URI è più critico perché ha tutta una serie di regole ben precise.
Dalla documentazione javadoc:
browse(URI uri)
Launches the default browser to display a URI.
open(File file)
Launches the associated application to open the file.
Nota anche la differenza sui parametri: open si aspetta un file sempre sul file-system locale. browse può aprire il browser anche con un URL su internet. (un URL è un caso particolare di URI)


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