Gli URL duplicati non devono essere cancellati (ti riferisci alla richiesta di rimozione tramite Webmaster Tools immagino) perché se non c'è niente che blocchi il loro ritorno nell'indice (robots.txt o 404) rientreranno come effettivamente hai notato.


Gli URL duplicati vanno gestiti nel CMS tramite o un redirect 301 o un anche semplicemente un canonical URL.