Intercettare DOVE? Non puoi farlo in "tutte" le applicazioni. Se una unità disco è "visibile" (es. la vedi da Esplora risorse) allora TUTTE le applicazioni possono accederci. Per restringere l'accesso a certi file/cartelle si potrebbe "giocare" con il controllo accessi (ACL) di Windows ma presupporrebbe innanzitutto che la pendrive sia formattata NTFS, non certo FAT32.
In generale NON c'è nulla di facile o immediato che puoi fare per impedire che un processo usi un volume montato nel sistema. Non in Java, non in C basilare, ecc... Serve qualcosa di molto più "intimo" con il sistema operativo per fare queste cose.
A questo punto forse sarebbe più utile se spiegassi perché ti serve fare una cosa del genere. Quale è l'obiettivo finale? Per chi? Per evitare cosa?


