Aggiunta di un div creato in modo dinamico a un altro div

[Vindav]

ma anche quello degli input in esso contenuti, giusto?

direi proprio di si. Ti consiglio cmq di usare le classi al posto degli id, le classi possono essere ripetute piu volte nella pagina. Inoltre anche usando le classi in qualunque funzione puoi sapere quel'è l'elemento che ha scatenato l'evento usando this.
Prendi questo esempio:

<div id="1"> 
    <div id="2"> 
<input type="text" class="oText" value="pippo"/>
    </div>
  </div>
  <input type="button" id="clona" value="clona"/>
  <div id="container"></div>

$("#clona").click(function(){
  $("#2").clone(true, true).appendTo("#1");
});

$(".oText").change(function(){
  $("#container").html($(this).val());
});

Non ho dovuto modificare nulla dell'oggetto clonato, e non ho duvuto ridefinire la funzione perche l'evento è associato a tutti gli elementi con class oText, che sia il campo di testo originale o un campo clonato. Sapendo quel'è l'elemento che ha scatenato l'evento puoi (probabilmente con un po di traversing del DOM) iniziare a scrivere un metodo generalizzato, cioè che non faccia riferimento ad elementi fissi dell'html come nel tuo caso.